POP3 יתרונות:
- ניתן לסמן בתוכנה למחוק את המיילים הנכנסים מהשרת לאחר X ימים, כך שלא צריך לדאוג לכך שהמקום בשרת יאזול,
- במידה ונרצה גיבוי של המיילים במקום נוסף חוץ מהמחשב, נוכל שלא לסמן את האמור בסעיף הראשון וכך ישאר לנו גיבוי בשרת (של הדואר הנכנס בלבד).
POP3 חסרונות:
- לא ניתן לסנכרן בין מכשירים שונים המחוברים לאותו חשבון, המיילים יתקבלו בין כל המכשירים, אולם אם נניח המייל מסונכרן לאאוטלוק במחשב ובנייד. והתקבל מייל וקראתי אותו במחשב - בנייד הוא עדיין ימשיך להיות מסומן כלא נקרא,
- דואר יוצא - בדוגמא של הנייח והנייד, מייל ששלחתי מהנייד - לא יופיע בתיקיית הדואר היוצא של הנייח ולהיפך.
- תיקיות, לא ניתן לסנכרון תיקיות מותאמות אישית בין מכשירים אלא התיקיות מוגדרות לוקאלית עבור כל מכשיר בנפרד.
IMAP יתרונות:
- ניתן לסנכרן בין מכשירים שונים המחוברים לאותו חשבון, כך שאם נניח המייל מסונכרן לאאוטלוק במחשב ובנייד. והתקבל מייל וקראתי אותו במחשב - אוטומטית הוא יסומן כנקרא גם בנייד.
- דואר יוצא - בדוגמא של הנייח והנייד, מייל ששלחתי מהנייד - יופיע גם בתיקיית הדואר היוצא של הנייח ולהיפך.
- תיקיות, ניתן לסנכרון תיקיות מותאמות אישית בין מכשירים, כך שאם לדוגמא יצרתי תיקיה באאוטלוק במחשב בשם "חשבוניות ספקים" היא תיווצר אוטומטית גם באאוטלוק בנייד.
IMAP חסרונות:
1. לא ניתן למחוק את המיילים מהשרת ובמקביל שישארו בתוכנה, אלא התוכנה היא שיקוף מוחלט של מה שיש בשרת, אם אמחק מהשרת אוטומטית הוא ימחק גם בתוכנה וכן להיפך. מה שמצריך שטח דיסק בשרת בהתאם.
2. לא ניתן ליצור גיבוי בשרת היות והתוכנה היא שיקוף מוחלט של מה שמתרחש בשרת.